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16S | R语言绘制稀释曲线
16S扩增子理论及流程详解
Avizo基础设置及实用小功能
BoneJ Website
Mantel test 相关性热图美化
R 语言 SEM｜结构方程模型直接间接效应｜作图｜可视化
Rhizosphere、Rhizoplane到底谁才是根际，根际土该如何取？
R绘图|时序和分类数据结构方程模型（SEM）怎么做？PLS-PM（偏最小二乘路径）方法2之分类数据和时序数据处理
R语言 | 偏最小二乘路径模型（PLS-PM）入门指北
SEM直接、间接、总效应自动计算及绘图
《科研论》1册10：第六章 模块化工具1.3：消除阅读文献的误区
使用Microeco包轻松分析你的16S扩增子数据
基于plspm包的偏最小二乘结构方程模型
Alpha多样性指数的计算：R语言
扩增子分析|microeco包妙用之网络属性（拓扑、节点）及多网络比较（子网络拓扑）一行代码获取结果之meconetcomp包
扩增子分析|基于R语言ggClusterNet包进行生态网络分析1—十种可视化布局包括igraph，Gephi和maptree
扩增子分析|基于R语言ggClusterNet包进行生态网络分析2——一行代码实现网络属性和节点计算及Zi-Pi绘制
扩增子分析|基于R语言ggpicrust2包进行PICRUSt2预测功能的分析和可视化（通路PCA，热图和差异图）
扩增子分析|基于R语言microeco包进行微生物群落网络分析（network网络、Zi-Pi关键物种和subnet子网络图）
扩增子分析|微生物生态网络稳定性评估之节点和连接的恒常性、节点持久性以及组成稳定性指数计算（1）
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扩增子分析|微生物生态网络稳定性评估之鲁棒性（Robustness）和易损性（Vulnerability）
柑橘根际和根表微生物组样品的收集及核酸提取方法 —BIO-101
正负内聚力在R中的复现：跟着Nature系列文章学习如何评价群落中物种协作和竞争以及网络稳定性
相关性组合图最终版
野外树木根系取样及根际土收集操作规程 —BIO-101
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35-生物多样性指数计算
59-扩增子分析还聚 OTU 就真 OUT 了，试试 unoise3
60-聚类 OTU vs 降噪识别生物序列——谁将主宰扩增子领域未来
61-扩增子测序分析，是选择 OTU，还是 ASV？
62-你想要的宏基因组 - 微生物组知识全在这 (2021.9)
63-16S 测序，不知道 OTU 你就 out 了！
64-测序发展史，150 年的风雨历程 (第二版)
65-遗传：微生物组数据分析方法与应用
66-随机森林寻找 Biomarker 和环境驱动因子, 以及气泡图 + 柱状图 + 热图组合可视化
71-FAPROTAX：微生物群落功能注释分析及可视化（附 R 语言代码）
72-使用 FAPROTAX 预测原核生物群落的生物地球化学功能
128-🤫 linkET - 完美解决 ggcor 安装失败方案（附教程） - mdnice 墨滴
38-R 语言 SEM 笔记：复合变量（composite）的构造案例
25-使用 Mantel 组合图的形式展示 pearson 相关性结果
37-在R中构建Composite结构方程模型
95-【20230708 期】《基于 ggplot2 绘制气泡图用于展示基因 - 微生物 ASV 或 OTU 表达量》
126-【20230730 期】《基于 linkET 包绘制 Mantel Test 检验环境因子与优势 ASVs 矩阵分析组合图》
80-【20240203 期】《(强烈建议收藏) 微生物 SCI 主流网络图高级分析流程及可视化（合集终章）》
89-【R 语言】——多组差异火山图
92-江莱生物 - 如何看懂文献里那些图——火山图 (Volcano plot)
91-差异分析——从原理到火山图的实现
80-【20240203 期】《(强烈建议收藏) 微生物 SCI 主流网络图高级分析流程及可视化（合集终章）》
125-R 绘图模板——热图 + 网络图展示 mantel test 相关性！！！
70-【20221128 期】《真菌扩增子 FungalTraits 功能预测 + 分析 + 处理数据 + 绘图 + 建议》
27-【20230731 期】《{全网最全} 科研小白 SCI 该如何上传微生物 16S-ITS 高通量原始数据到 NCBI？学完快教你师妹》
36-结构方程模型 — 基于复合变量（Composite Variables ）可视化
129-R 语言 SEM 笔记：结构方程模型的多组分析（Multigroup Analysis）
2025_Peng_Agricultural subsoil_KEY-5BMFVC5T
05-Knowledge Database
Z Knowledge Database Files
土壤pH
土壤饱和导水率
01_1_12 土壤矿物
土壤电导率测定
土壤质地
土壤碳 有机碳 无机碳
01_1_4-2 Soil SAN 土壤硝铵态氮
01_1_5-2 Soil SAP 土壤速效磷
土壤阳离子交换量 CEC
01_1_7 Soil Bulk density 土壤容重
01_1_8 Soil 土壤孔隙
01_1_9 Soil 土壤团聚体
Introduction
20250102CT图像处理流程记录
Absolute Permeability Experiment Simulation
Alpha多样性分析
Analyze Particles plug-in
Anisotropy
Avizo土壤孔隙分析流程示例
Avizo导入数据
BoneJ plug-in
Chrome
Compactness
Coordinate number
Critical pore diameter
CT图像可视化
CT图像灰度值校准
CT图像降噪
CT图像预处理
CT土壤孔隙分析流程图
EH Soil Physical Porosity
Fiji
Global connectivity
hydraulic properties + porosity
Hydraulic radius
ImageJ plug-in
Interactive Top-Hat
Label Analysis
Lanczos filter
LEfSe
Limiting macroporosity
Local connectivity
Mantel test
Mean pore radius of the limiting layer
Mean pore thickness
Median Filter
Meta气泡图
Non-Local Means Filter
Paper Writing
Percolating macroporosity
plspm
Pore angle
Pore area
Pore equivalent diameter
Pore skeleton network
Pore thickness
Ring Artifact Reduction Filter
SEM模型评价
SimpleITK
Soil pore-size distribution
Soil pores network analyses
SoilJ
Specific surface area
SWC Meta Ma Long
Throat
Tortuosity
Unsaturated hydraulic conductivity
Unsharp Masking
Volume Fraction plug-in
Volume Fraction
Zotero
事后检验
分形维数计算
医用CT图像Avizo处理步骤示例
因果分析
土壤取样
土壤基础理化性质测定相关实验
土壤孔隙率计算
土壤学实验
复合变量结构方程模型
孔隙分割
孔隙形态和结构特征
孔隙网络模型
孔隙连通性分析
孤立孔隙分析
宏基因组数据处理与分析
实用科研工具
样品的采集和保存
差异比较
微生物共现网络分析
微生物分析 引物选择
微生物周转数据处理与分析
微生物生活史策略
扩增子数据处理与分析
文献检索
文献阅读
日常办公软件
关键微生物
根据图像的灰度值划分阈值
根据图像联合灰度分布确定阈值
根据孔隙大小划分不同孔隙
根系对土壤孔隙的影响
检索式
气泡图
火山图
物种组成分析
生物多样性指标及计算
生物孔隙
目视检查判断阈值
结构方程模型概念模型
贾立老师 赵天杰老师 李伟老师 20250104
顶刊中的生物多样性研究热点
鲸吞法
器
R_Language
Paper‘s R Code
2021_Poorter_Multidimensional tro_KEY-YKQ2MMIA R Code
2022_Moi_Human pressure drive_KEY-23RD6BUY R Code
R Package
lavaan
piecewiseSEM
R 画图附件
分面箱型图+连续+部分显著性检验
堆栈柱状图
模型
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1-提升回归树（Boosted Regression Tree, BRT）
Random forest
Random forest 随机森林分析
土壤孔隙分析
常用软件
术
Mathematical statistics
R语言数据统计分析
微生物数据处理与分析
微生物组数据分析与可视化教程
数理统计
0-数理统计基础
0-数理统计基本问题
1 Overall 数理统计类型
2-差异分析
方差分析
数理统计相关附件
Igraph 蛋白互作网络分析
R 语言复现 Nature 子刊相关性网络图
2-微生物网络图功能模块分析 网络分析 Network 模块设置 Modularity
R 包 eigenmodel 的潜变量网络模型（特征模型）
3-网络拓扑结构 - 网络图的凝聚性特征和 R 计算
结构方程模型 SEM
piecewiseSEM
piecewiseSEM 用于构建分段结构方程的R包 保姆级教程
搞不懂结构方程模型？一文学会（附代码）
这可能是结构方程建模（SEM）最详细的文章了
回归分析方法
数理统计分析汇总
结构方程模型 SEM一站式教程
网络分析方法
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科学实验与数据分析
道
科学研究与论文写作
06-Cards
学术文献检索
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【20231012期】微生物重复样该怎么选及面临挑战？CoNet和Gephi软件绘制平行样n≥3微生物网络图
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【20231012期】微生物重复样该怎么选及面临挑战？CoNet和Gephi软件绘制平行样n≥3微生物网络图
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